邢唷��>� ;=���:������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������欹�O ���"bjbj繡繡 .(�)峞�)峞a T���������     ����!!!8Yu$!W$���(�������#�#�#�#�#�#�#$&��(d�#E ������#  ���$����� � ��#���#��Nz"�����G&L堯�����<Rj"�#'$0W$r"+)�B+)z"+) z"���������#�#� ���W$������������������������������������������������������������������������+)���������� �: PicoGreen quantification of DNA or RNA Worth noting that most of the lab now use Qubit for low concentration DNA/RNA quantification, but PicoGreen is still good. For DNA: Ensure there is sufficient 1x TE, otherwise make more with the concentrated stock Dilute 20�l � DNA stock (100�g/ml) with 980�l 1x TE to 2�g/ml Keep this dilution in the bag for future use Work out a plate layout. You should do 2 replicates of each sample, and 2 replicates of the standard curve (5 wells x2 replicates). In a flat bottom 96-well plate, put 41 �l TE in the 2 wells for the first dilution of the standard curve Put 50 �l in the other wells for the standard curve (4 x2 replicates), and also in 2 wells for each sample you are testing Add 13.75 �l of 2�g/ml � DNA to the first well of one of the replicates of the standard curve, mix by pipetting Pipette 5.5 祃 out of the first well into the second, mix, pipette 5.5 祃 out of this well into the third, mix, pipette 5.5 祃 of this into the fourth well, mix and discard 5.5 祃 Repeat this process for the second standard curve replicate. Add 0.25 祃 DNA sample to be tested to each replicate well Dilute PicoGreen 1:200 with 1x TE (you need 500祃 for the standards, 100祃 per sample, plus 50祃 spare). Pipette 50 祃 PicoGreen dilution into each well (you can just put this on the side of the well without changing tip). Tap the plate a few times to mix Read the plate in a fluorimeter, excitation 488nm, emission 520nm, gain ~1000, but you can change this to bring different parts of the standard curve into range� The concentrations of the DNA standards are: 500ng/ml, 50ng/ml, 5ng/ml, 0.5ng/ml Plot the standards and use Excel to calculate a formula for the best fit line, use this to calculate the concentration of the samples in ng/ml. For a dilution of 0.25 祃 DNA sample in 50 祃, the concentration of the sample is 200 x the measured concentration For RNA: - kit R11490 life tech Note the sensitivity range of this assay � for 0.2祃 RNA solution, this will measure concentrations between 500ng/祃 and 2ng/祃. If your RNA concentration will be higher than this then dilute it (or just use the nanodrop). Ensure there is sufficient 1x TE, otherwise make more with the concentrated stock Dilute 4祃 ribosomal RNA standard stock (100礸/ml) with 196祃 1x TE to 2礸/ml Spare aliquots of the rRNA standard are stored in the Illumina box in the -30 You can then make the dilutions directly in the wells of a 96 well plate. Set up two wells per dilution: Make dilutions: 1x TE 2礸/ml RNA concentration 0祃 50祃 2000ng/ml 30祃 20祃 800ng/ml 45祃 5祃 200ng/ml 49祃 1祃 40ng/ml 50祃 0祃 blank For each sample, do two replicate wells containing 50祃 1xTE and 0.25祃 sample Dilute P &'(5U\n������� ( D l � �  : > � � � � IKL���������3;<������C鲰彷招招账没烦'珳珳珳珮湯槣珮湯槣珨崝瘮瘮啍 h譒3h譒3 hGh譒3h譒3h2 � hGhGh/m�hSVthGh腪�hYK�h巒5h巒5hxom5�h巒5h巒55� hG5� h誮�6�hGhG6�h砪Hh�4'h砪H5丆J(aJ(h裧i5丆J(aJ(h巒55丆J(aJ(4'(����  j � � � � � � � � ?@��23no������������������������� 7$8$H$gdSVtgd(W gd砪H$a$gd砪Ho��OPrsghk��lm��]^���.������������������������� 7$8$H$gd⺗ 7$8$H$gd鄋� 7$8$H$gdSVt 7$8$H$gd譒3CEFKh"#jklt���� klm�����^��.9GR_gtuw����� � !!~!%"&"9":"�"�"�"�"痖痖痿滠总酉饲忧鹎们们壳豢磺磺磺每辞筐筐坎钱腔痖痖鹎獧 hSVth\`CJOJQJ^JaJh\`h裧iU hSVth�(�hq=~h�(�h夿xh⺗h8Dhm�h巒5 hYK�5�hYK�h巒55� h鄋�5� h鄋�h鄋�h鄋�h譒3hIeIhSVt:.G_uw��� � � � ~!!�"�"�"�"�"�"�"�"�"�"�"�"�"������������������������� 7$8$H$gdSVt 7$8$H$gd鄋� 7$8$H$gdq=~ 7$8$H$gd⺗icoGreen 1:200 with 1x TE (you need 500祃 for the calibration curves, and another 100祃 per sample, plus 50祃 spare). So, for 6 samples dilute 5.75祃 PicoGreen in 1144祃 1x TE Add 50祃 diluted PicoGreen to each sample Read the plate in a fluorimeter, excitation 500nm, emission 525nm, gain ~1000, but you can change this to bring different parts of the standard curve into range� Plot the standards and use Excel to calculate a formula for the best fit line, use this to calculate the concentration of the samples in ng/ml. For a dilution of 0.25 祃 DNA sample in 50 祃, the concentration of the sample is 200 x the measured concentration      FILENAME Pico Green Quantification v1.2 Houseley lab  PAGE 2 �"�"�"�"�"�"�"�"�"�"�"�"�"�"�"�"�"�"�"�"�"�"�"�"�"�"黧黧黧黧腌朕脍缰缣铺惶珞� hSVth\`CJOJQJ^JaJh/m�0JmHnHu h橸0Jjh橸0JUh翸�h誮�h誮�mHnHuh橸jh橸Uh��jh��U�"�"�"�"�"�"�"�"�"�������� 7$8$H$gdSVt,1恏皞. 捌A!�"�#悹$悹%�澳澳 惸w2���� 0@P`p€�����2(�� 0@P`p€����� 0@P`p€����� 0@P`p€����� 0@P`p€����� 0@P`p€����� 0@P`p€�8X�V~�����€�� 0@�� 0@�� 0@�� 0@�� 0@�� 0@�� 0@�� 0@�� 0@�� 0@�� 0@�� 0@�� 0@�� 0@6666_HmH nH sH tH @`�@ 鄋�NormalCJ_HaJmH sH tH DA`��D Default Paragraph FontRi��R  Table Normal�4� l4�a� (k ��(No List 4@�4 Mr2Header  �9r 4 @4 Mr2Footer  �9r .)@�. Mr2 Page NumberPK!檗�[Content_Types].xml瑧薔�0E鱄鼉�-J湶@%閭菐洽|廊�$韶钵UL襎B� l,�3鳛;鉹�得槣B+$�G]ミ7O侪V墎Gㄧ荝畮猆1嘺$畎N峄%� 掟剩陚袥衘kUDR逰Qj/梔幗橰檫�*SxMs失J5�$4vq^W�C式 D{>坛`�3黂�EB�=喀�交Ut� Qy@謵涜縗.X�7魷<:+& �0h� �@�>n�菲瑽�狔V歲眜�� �犾选{�5�扌哕丬涨耴P�?孛O&C阿呑� 钺肁w0蝉kP唎磲鄣�(h[�5(�$=逤茁Vs竇mY2z靹w胉襫涫KDC]j�%K濉XK� �'P@�$I=筜�%欳%g渪'$�!餠(e唊嵹ぶ���'鞶t剳!瓁�7xb紊J鳇犝7 o碗呒蚖_統|n�;Fid数蜉蚾��痦/_�1泎/L魁钶?>醢庖o�酏���氙_;戴9:3�3抈�=聴轘柪繛�,F臄瑙慇)R�8魪el�mE�踲|�!崭€髯/,掠槸%qh|'饠1:`躨厙j.锰硊�'鏺�� 总C擹^疻恈塊�0��'�E8乓S弑s��水螜`K閩A�"N撎葯Mバ1I�/A鸱e浻甾€Q转GF罗@訟~啯e汽h-Q釸9C 5 ~俤�"9蒺箟 瀻0e辺亝p�<姘^瞄!透輣J7墠鋻溁t� 芁鋱�c敩\�)Ic8�E�&]餝f��~@锳w?'豶鲊沉3劝&�2@�7k铕鍈态鴿n�aW竽J眪N溠1XGVh焋L�%Z`�=羆繴柾K�b�*秦X�=�z%哲扃�"瑦濃�鄐嘿I<�&�尹糿趞 �.q纁:?7亸魛/N�<犆顑Z熌�*`闿搞u�-�]e徚緗a迅戮|mH歃蘽m3C詺� ��.脮nA膔)�[;鍠靓-�輵蒸$$齚从麆�晦:尫�>N裤Vl%玨v:噿神Ns粉� _怬咯�C傧X�=蚼O�喵4圅髆'sㄟ疙d|�0n;欬p邈t2e�}�:鹑z舯Or鹪gI(澥 �'B��=硺罓捰'灨8\硼ㄊL`�"幋屒欬 戱4F+8JI$r諔餠L馈�v闢x篘N�";飕渍羏VY掑x-,漆燡f鑆�<�+詋稇>h�P沧!aLf揾:H捶兪H鶻屾 鯭Xt,:JU{,€Z�砹萧� Bp往B�)s踔悔�佑噷iE4刿(=軺\.O�. �+x�"a剾MB[F7x"啛羪t府-z�z>瓛F惑>7�5软�殮檪︕e蟧5C�9Z觞%胏矀��7�芗�%�6麺2藠 9B"� 畵N� "1�(Iz綵~�氷⒐��>Yr]H+�9p喉d糪夤4輓�(Kg瘣岢\狳V嬤�$��=�椶]螫B,l讜D垒A=虫偫eX懭束�)Ly�5o e銏産擶3檊p澥 :皝駯� j�$/刧�*唉Q璲ZT崒昧a!e9#i�5邮*猨撼�5枚 熵騠E轥�51�4陈g﹞7鍁饭n(�及煟阇� 允�,j婑~V9;祂莢�爒�"adV韼輮釡oT鵄n7jah鬼+单醐箉蓖蝆@�A椈hW律.G�MuO挜 �"/e�5嗌[s殷楷咠`�嚂Z'W俧P玹聗骋胒}謐�'�0槐熇蒌黯z|镱>俎衍櫝な糨|U譿黪漆粄廆淫舱榯涊Am�'昤4鑄好譅2j 郏蒱v簱W緒×A�9 Z鉔+A鑧簳v衕魞v�3�6V灔徿`^碗���PK! 褠煻'theme/theme/_rels/themeManager.xml.rels剰M �0匃倃oo雍�&輬协�勪5 6?$Q祉 �,.嘺緳i粭澤c2�1h�:闀q毩m胳嶡RN壻;d癭値o7�g慘(M&$R(.1榬'J摐袏T鶂�8V�"&A然蠬鱱}狇�|�$絙{�朠�除8塯/]As賲(⑵锑#洩L蔥汉倪��PK-!檗�[Content_Types].xmlPK-!ブх�6 0_rels/.relsPK-!ky���theme/theme/themeManager.xmlPK-!遏g槗� �theme/theme/theme1.xmlPK-! 褠煻'� theme/theme/_rels/themeManager.xml.relsPK]� � !(���� FFSSSVC�"�" o.�"�"  1GNPV�晙!�晙�8�@����€€€�饞��0�( � �養 �S ���� ?� ����€���� � o x � � a c d f g i j l m � � J�a c d f g i j l m � � TU\n����@l')SU����������������hqrvw�� � � � V [ ` a a d d m � � � � � TU\n����@l')SU����������������hqrvw�� � � � V [ ` �  3A#��������� 刪剺⺗刪`剺䥽h圚) 勑剺⺗勑`剺䥽h圚) �8剺⺗�8`剺䥽h圚) 劆剺⺗劆`剺䥽h圚() �剺⺗�`剺䥽h圚() 刾剺⺗刾`剺䥽h圚() 勜 剺⺗勜 `剺䥽h圚. 凘 剺⺗凘 `剺䥽h圚. 劏 剺⺗劏 `剺䥽h圚. 3A# � 3A# � 3A# �����甫:$ )8�:$!)�:$赓)坤:$#()皑:$$0b\()穰:$%()埆:$孳.P�:$'�.(�:$� .����h�:$ .`�:$!.槯:$赓.效:$#)@�:$$0b\()ū:$%()H�:$孳()`�:$'�()腑:$� ()����(�:$ .噩:$!..:$赓...劝:$#....挟:$$0b\ .....惏:$% ......�:$孳 .......p�:$'� ........P�:$�  .........����@�?(W ⺗dsg橸mp�.8D�F%*SA0Mr2譒3巒5; BG砪HIeI硈M�7THZX�Ys,[\`?f�g裧ixomSVtu6Tu夿xT y./|q=~fL�(�m�誮�憀� �璼��7�����~m�n�/m�(�6\�)4�翸�2 ���� �腪�� ��(���YK�鄋�耫�a c �@€����@   � � @  @@@��Unknown������������G��.郲x� �Times New Roman5�€Symbol3.� �.郲x� �ArialE.� �.醄`�)�MS Shell Dlg 2C.,�.鋥$� �Calibri Light7.��.鋥$� �CalibriA���$B�Cambria Math"q�鹦h鉠,嚃儨嚧�8'��b �b !����亖r4[ [ 3僸�HP �?�����������������������7�2!xx�#谀( ��� Prepare 0jhousele Jon Houseley � 鄥燆鵒h珣+'迟0€�������  0 < H T`hpx� Prepare 0 jhousele Normal.dotmJon Houseley25Microsoft Office Word@J簽\@屻筘�@�/6�@翦I堯��b � 胀諟.摋+,0 hp���� ���� � ��University of Edinburgh[   Prepare 0 Title ��� !"#$%&'()���+,-./01���3456789������<������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������Root Entry�������� �F�(L堯�>€1Table��������;)WordDocument��������.(SummaryInformation(����*DocumentSummaryInformation8������������2CompObj������������r���������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������� ���� �F Microsoft Word 97-2003 Document MSWordDocWord.Document.8�9瞦